Awalnya pondok pesantren megawarna adalah sebuah langgar kecil (surau) di Dusun Kelutan Kec. Ngronggot, Kab. Nganjuk. Kegiatan pengajian di langgar yang dibentuk oleh KH. Aqib Umar Murtojo (alm) dimaksudkan untuk memberikan pengetahuan agama bagi warga sekitar.
Diantara nasehat Abah Ulil Albab untuk orang tua yang sedang memondokkan anaknya adalah: Bukti tanda cinta orang tua kepada anak, Suatu ibadah bisa terjaga dan diterima oleh Allah
Sejak dulu KH. M. Ulin Nuha Arwani dan KH. M. Ulil Albab Arwani, selaku pengasuh PTYQ Menawan Kudus bercita-cita memiliki pondok modern yang berbasis sekolah dengan mensinergikan antara Al-Qur’an, ilmu pengetahuan, serta bahasa asing.