Berdirinya STIKes KHAS Kempek, merupakan tanggapan atas masukan dari cendikiawan, ulama, dan masyarakat di lingkungan Pondok Pesantren KHAS Kempek, Cirebon. Perkembangan teknologi yang kian masif, kecenderungan perubahan peradaban dunia, pergeseran pola pikir dan pola hidup, dan pentingnya pembangunan karakter SDM bangsa Indonesia guna tercipta karakteristik unggul yang melekat dan menjiwai keislaman, keilmuan, dan kebangsaan.

Tepat tanggal 15-16 Januari 2016, Yayasan KHAS Kempek mengadakan workshop yang diikuti 40 peserta yang diikuti beberapa pihak dari Pimpinan Yayasan KHAS Kempek, Dewan Keluarga Pondok Pesantren KHAS Kempek, perwakilan PBNU, perwakilan Pemda Kab. Cirebon, ulama, perwakilan wali santri serta alumni dan tokoh masyarakat. Pertemuan itu memutuskan urgens