Nama beliau adalah Burhanuddin Ibrahim al-Bajuri bin Syeikh Muhammad al-Jizawi bin Ahmad. Beliau di lahirkan di desa Bajur dari propinsi al-Munufiya Mesir tepat pada tahun 1198 H/1783 M. Sejak kecil beliau telah hidup dalam kalangan orang shaleh karena orang tua beliau juga merupakan seorang ulama yang alim dan shaleh.
KH. Bajuri Yusuf dilahirkan di Lebak Sangkapura Pulau Bawean Gresik Jawa Timur pada 20 Maret 1950 dari pasangan Kiyai Yusuf Zuhri dengan Nyai Muthiyah.