Pondok Pesantren Al Amin Kauman terletak di desa Kauman Kecamatan Wiradesa Kabupaten Pekalongan. Letaknya yang strategis dan berada di tengah-tengah masyarakat membuat pesantren ini hidup berkembang seiring kemajuan zaman menyatu bersama masyarakat desa tersebut.
Dari sebuah pengajian biasa pada tahun 1996 di Sekolah Menengah Pertanian yang kini menjadi SMK Negeri 3 Kuala Kapuas, beberapa pengajar dari Pulau Jawa dan pemuda-pemuda Kapuas memprakarsai berdirinya Yayasan Islam Al-Amin Kapuas pada tanggal 8 Februari 1996, yang diprakarsai oleh dr. Ceva Wicaksono Pitoyo.