Pesantren Darul Ulum bertempat di desa Ngembalrejo Rt: 05 Rw: 04, kecamatan Bae Kabupaten Kudus, tepatnya terletak di belakang pabrik rokok Jambu Bol atau 100 meter sebelah utara jalan raya Kudus-Pati. Pesantren Darul Ulum pertama kali dirintis oleh K.H. Ahmad Zaenuri, pada tahun 1960-an. Awal mula pesantren berupa sebuah komunitas pengajian masyarakat yang memiliki basis perekonomian sebagai pekerja pabrik dengan tingkat keislaman yang cukup terbangun.

Pada suatu waktu, H. Ma‘roef sebagai pemilik pabrik rokok Jambu Bol berinisiatif kepada K.H. Ahmad Zaenuri untuk mendirikan pesantren. Inisiatif tersebut disambut dengan gembira oleh beliau, sehingga dengan dukungan dari  H. Ma‘roef, tidak lama berdirilah pondok pesantren dengan nama Darul Ulum. Dan pada tahun 1960 pondok pesantren Darul Ulum bernaung dibawah yayasan pendidikan Islam Darul Ulum.

Pengasuh

K.H.  Ahmad Zaenuri (1960-1986)
K.H. Ahmad Fatchi MN (1986-2001)
K.H. Drs Saad Basyar (2001-  sekarang)