KH. Muhammad Martain Karim wafat pada hari Rabu 23 september 2020. Beliau dimakamkan di Tempat Pemakaman Umum (TPU) Glonggong, Temas, Batu yang berlokasi tepat berada disamping Pondok Pesantren Al-Hidayah.
Nama pondok pesantren Mamba’ul Ma’arif, atau yang lebih dikenal dengan Pondok Denanyar, memang sudah tak asing lagi buat orang Indonesia lebih-lebih bagi masyarakat Jawa Timur.