PPTQ Al-Asy’ariyyah memiliki yayasan yaitu Yayasan Al-Asy’ariyyah.
Yayasan Al-Asy’ariyyah yang sekarang menjadi payung dari lembaga-lembaga di bawahnya seperti PPTQ Al-Asy’ariyyah, SLTP Takhassus Al-Qur’an, SMA Takhassus Al-Qur’an, SMK Takhassus Al-Qur’an, SD Takhassus Al-Qur’an, Balai Pengobatan Hajah Maryam, Dewan Ekonomi Pesantren dan lain-lain, mempunyai sejarah perkembangan selama empat periode:

A. Periode Pertama K. Muntaha bin Nida' Muhammad (1832-1859)
Pada tahun 1830 Pangeran Diponegoro ditangkap atas tipu daya Belanda di Magelang termasuk para pengawalnya juga dilucuti. Diantara prajurit pengawalnya yang sempat meloloskan diri dari kejaran Belanda adalah Raden Hadiwijaya dengan nama samaran KH. Muntaha Bin Nida' Muhammad. Pada tahun 1832 KH. Muntaha tiba di Desa Kalibeber yang waktu itu sebagai ibu kota Kawedanan Garung. Beliau diterima oleh mbah Glondong Jogomenggolo, beliau mendirikan Masjid dan Padepokan Santri di Dusun Karangsari, Ngebrak, Kalibeber, dipinggir sungai Prupuk yang sekarang dijadikan makam keluarga Kyai.
Ditempat ini beliau mengajarkan agama islam kepada anak-anak dan masyarakat sekitar. Ilmu pokok yang diajarkan adalah baca tulis Al-Qur'an, Tauhid, dan Fiqih.

Dengan penuh ketekunan, keuletan dan kesabaran, secara berangsur-angsur masyaraat Kalibeber dan sekitarnya memeluk agama Islam, atas kesadaran mereka sendiri. Mereka meninggalkan adat-istiadat buruknya seperti berjudi, manyabung ayam, minum khomr, dll. Karena Padepokan Santri lama kelamaan tidak mampu menampung arus santri dan terkena banjir sungai Prupuk maka kegiatan pesantren dipindahkan ketempat yang sekarang dinamai Kauman, Kalibeber. Sedangkan yang tinggal di Padepokan baru yang tidak mau secara sukarela memeluk Islam, atas kemauan sendiri banyak yang meninggalakan kampung itu. Daerah selatan pesantren yang semula dihuni oleh Etnis China akhirnya ditinggalkan penghuninya, dan nama Gang Pecinan sampai sekarang masih dilestarikan. K. Muntaha wafat pada tahun 1860, setelah 26 tahun memimpin pesantren. Beliau digantikan oleh putranya KH. Abdurrochim bin KH. Muntaha.

B. Periode ke-Dua KH. Abdurrochim (1860-1916)
Mulai tahun 1860, KH. Abdurrochim bin KH. Mutaha menerima estafet tugas mulia memimpin pesantren dari ayahnya. Beliau adalah seorang Kiyai yang ahli dalam bidang pertanian dan tidak suka berpolitik praktis. Beliau juga ahli Tasawuf. Sejak mudanya beliau telah dipersiapkan untuk meneruskan perjuangan menyiarkan islam dan memimpin pesantren. Beliau pernah nyantri di Pondok Pesantren KH. Abdullah bin KH. Mustahal Jetis, Parakan, Temanggung, bahkan beliau dijadikan menantunya. Dibawah asuhan KH. Abdurrochim pesantren semakin maju. Satu hal yang sangat menarik dari Al-Maghfurllah KH. Abdurrochim adalah keahliannya dalam menulis Al-Qur'an.

Sehingga ketika beliau pergi berhaji selama dalam perjalanan beliau menulis Qur'an dengan tangan Beliau sendiri sampai ketika beliau tiba di Kampung halaman penulisan Al-Qur'an tersebut dapat selesai sempurna 30 juz. Peristiwa bersejarah inilah yang nantinya menjadi sumber inspirasi bagi cucu Beliau yaitu Al-Maghfurllah KH. Muntaha Alh untuk membuat Al-Qur'an raksasa, yang menjadi Al-Qur'an terbesar di dunia.

Dalam memimpin pesantren Beliau masih melestarikan sistem dan materi pendidikan peninggalan Ayahandanya. Bertepatan pada tanggal 3 Syawal 1337 H atau 1916 Masehi, KH. Abdurrochim dipanggil yang Maha Kuasa dan dimakamkan dibekas komplek Pondok Karang Sari, Ngebrak. Sepeninggalan Beliau, kepemimpinan pesantren diteruskan oleh putranya KH. Asy'ari bin KH. Abdurrochim.

C.    Periode ke-Tiga KH. Asy'ari bin KH. Abdurrochim (1917-1949)
KH. Asy'ari mempunyai 2 saudara yaitu : KH. Marzuki dan Nyai Hj. Maemunnah (istri KH. Syuchaimi dari Malaysia).Beliau mempunyai wiridan rutin membaca Dalailul khoirot kemanapun beliau pergi selalu membawa kitab tersebut. Beliau mempunya dua istri yaitu Nyai Hj. Safinah (Ibu kandung Al-Maghfurllah KH.Muntaha) dan Nyai Hj. Supi'ah (Ibu kandung KH. Mustahal Asy'ari). KH. Asy'ari pernah nyantri di Krapyak Yogyakarta dan ketika itu Beliau diajak oleh KH. Munawwir untuk mengikuti (Ndere'ake) menuntut ilmu di Mekkah selama + 17 tahun.

Pada saat nyantri di Mekkah inilah Beliau rutin membaca Al-Qur'an, bahkan setiap hari bisa Khatam. selain itu Beliau juga pernah nyantri di Sumolangu, Kebumen, dan Termas Pacitan. Beliau meneruskan kepemimpinan Ayahandanya. Pada masa itu Indonesia telah melahirkan gerakan-gerakan Nasional, baik yang berdasarkan agama maupun kebangsaan.

Pada tahun-tahun terakhir kehidupan beliau, Indoneia sedang gigih-gigihnya menentang kembali penjajahan Belanda oleh karena itu pesantren mengalami masa surut sebagian santrinya ikut dalam geriliya melawan Penjajah. Pada aksi Polisionil kedua (Agresi Militer Belanda II) itu Belanda menyerang wilayah Wonosobo bahkan sampai ke Desa Dero Ngisor  +  5 Km dari Kalibeber kesebalah barat. Pondok Pesantren pun tak luput dari amukan Belanda bahkan Al-Qur'an tulisan tangan Al-Maghfurllah KH. Abdurrochim ikut dibakar.

Sementara itu KH. Asy'ari yang sudah lanjut usia terpaksa mengungsi ke Dero Duwur + 8 Km dari Kalibeber.  Ternyata Belanda tidak berani meneruskan pengejaran Ulama' ini sampai ketempat pengungsian. Dalam pada itu Beliau sedang sakit keras dan kemudian wafat dalam pengungsian dan dimakamkan disana pada tanggal 13 Dzulhijah 1371 H/ 1949 M.

Menurut satu sumber yang dapat dipercaya (saksi sejarah yang masih hidup) termasuk dari satu keistimewaan Beliau adalah suatu ketika masjid dan pondok pesantren di Bom oleh Belanda namun berkat doa Beliau bom tersebut tidak meledak, malah berubah menjadi Singkong (Bodin- Bahasa Kalibeber red). Satu hal yang perlu dicatat bahwa wafatnya KH. Asy'ari teleh menyiapkan putra-putranya untuk kaderisasi kepemimpinan. Seluruh putranya dikirim ke berbagai Pondok Pesantren satu diantara putranya ialah KH. Muntaha Alh bin KH. Asy'ari

D. Periode ke-empat  KH. Muntaha Al-Hafidz bin KH. Asy'ari
KH. Muntaha Alh atau yang biasa dipanggil dengan sebutan Mbah Munt adalah seorang Ulama' legendaries, dan Kharismatik. Beliau dijuluki sang Maestro Al-Qur'an. Dibawah kepemimpinan Beliau inilah Al-Asy'ariyyah menumui kemajuan yang sangat pesat, dengan pertambahan santri yang menjadi ribuan dan juga pertambahan lembaga-lembaga pendidikan dibawah naungan Yayasan Al-Asy'ariyyah. Dan dengan satu karya yang sangat fenomenal yaitu : Al-Qur'an Akbar (Al-Qur'an terbesar di Dunia) yang kini disimpan di bait Al-Qur'an Taman Mini Indonesia indah (TMII).

Beliau adalah sosok ulama' yang juga pandai berpolitik, semasa masih muda beliau pernah menjadi anggota konstituante dari fraksi NU, tetapi beliau bukanlah politisi. Garis Politik beliau adalah mengutamakan kemaslahatan umat dari pada sekedar kepentingan/ambizi pribadi. Beliau juga seorang pejuang kemerdekaan, Beliau pernah ikut pertempuran di Palagan Ambarawa sebagai Komandan BMT (Barisan Muslim Temanggung). Mbah Munt adalah seorang Ulama' yang serius dan kreatif, sederhana, pemurah, dan seorang pribadi yang berakhlakul karimah. Orang-orang menyebutnya berhati Segara (laut), hatinya bagai samudera luas dan seperti air, setinggi apapun tempatnya air mengalir kearah dan tempat yang lebih rendah.

Dalam perjuangan memasyarakatkan Al-Qur'an, beliau mendirikan Yayasan Himpunan Penghafal Al-Qur'an dan dan pengajian Al-Qur'an. (Jama'atul Qur'an wa Diraasat Al-Qur'an atau YJHQ) yang menghimpun para Hafidz-Hafidzah se-Kabupaten Wonosobo. Beliau sering menasihati murid-muridnya untuk menghataman Al-Qur'an minimal seminggu sekali. Beliau juga penyusun Tafsir Maudlu'I yang  kini berjudul Tafsir Al-Muntaha.

Beliau adalah hamba Allah dalam arti yang sebenarnya. Dalam zuhud dan taqwa beliau telah sampai pada maqam ma'rifat, keyakinan hatinya begitu tinggi sehingga seluruh hidupnya penuh dengan ketaatan kepada Allah SWT. Jiwa dan makna ma'rifat beliau berbeda sekali dari sikap hidup para zahid yang menjauhi dunia. Sebaliknya Irfan atau daya ma'rifat Mbah Muntaha adalah irfan yang positif dan dinamis, yakni penuh perhatian dan pemahaman terhadap masalah-masalah di sekitarnya. Banyak wali yang hidup zuhud dan menjauhi dunia. Tetapi Beliau adalah wali yang Zahid dan membangun dunia.

Sejak pondok pesantren dipimpin oleh Al-Maghfurllah KH. Muntaha Alh, maka berbagai langkah inovativ dan pengembangan mulai dilakukan diberbagai aspek. Sehingga jika sekarang kita melihat perkembangan pesantren ini tida lain adalah karena jasa dan perjuangan beliau. Langkah pengembangan tersebut disesuaikan dengan situasi dan kondisi masyarakat. Pengembangan itu antara lain dalam masa-masa awalnya, pesantren pesantren yang lebih mnegkhususkan pada pengkajian dan hafalan Al-Qur'an masih tetap dipertahankan bahkan lebih dikembangkan lagi. Sehingga dalam waktu tidak lama jumlah santripun bertambah banyak.

Apabila kita membicarakan KH. Muntaha,  maka tidak akan berpisah dari tokoh pendampingnya yaitu KH. Mustahal Asy'ari (Adik Beliau). Beliau dilahirkan pada tahun 1926 + 14  tahun lebih muda dari KH. Muntaha. Beliau mengawali menuntut ilmu dibawah bimbingan langsung dari ke-dua orang tuanya sendiri. Kemudian beliau mesantren pertama kali kepada Syech KH. Muntaha Parakan Temanggung pada tahun 1946 selama 1 tahun. Kemudian beliau meneruskan nyantri di Lasem dari tahun 1947 sampai dengan 1951. setelah itu beliau memperdalam ilmu di Pondok Pesantren Al- Munawwir Krapyak Yogyakarta di bawah bimbingan langsung KH. Munawwir, Alh selama 3 tahun.

Selama mesantren beliau "Tirakat" dengan tidak pernah makan nasi selama 13 tahun. Setelah dirasa cukup beliau pulang kerumah untuk membantu dakwah memperjuangkan syari'at islam di Kampung halamannya, Dengan mengawali mendirikan TK dan MI Ma'arif. Pada tahun 1958 beliau melaksanakan sunah Nabi SAW yaitu melangsungkan pernikhan dengan Nyai. Tisfiyyah dari Kertijayan, Buaran, Pekalongan. Dari pernikahan ini dikaruniai 6 Orang putra yaitu : Mustaqimah, Masudan Asy'ari, Atho'illah Asy'ari, Mukarromah, Muhammad Muhlis dan Affan Mastur.

Beliau pernah menjabat sebagai Ketua NU, Ketua Fatayat, Ketua Muslimat, Dan Ketua GP Anshor Cabang Wonosobo. Disamping itu beliau adalah sebagai pegawai KUA. Beliau juga menjabat sebagai anggota DPRD Kabupaten Wonosobo pada tahun 1961-1966. hal yang sangat patut di teladani oleh para santri adalah ke-istiqomahan beliau, salah satunya ialah dalam hal sholat 5 waktu. Sampai sekrang beliau masih aktif menjadi imam harian di Masjid Baiturrochim.

E. Periode ke-Lima (sekarang)  KH. Achmad Faqih Muntaha
Beliau adalah putra sulung KH.Muntaha Alh dari istri yang bernama Nyai Hj Maiyan jariyah, lahir di Kalibeber pada tanggal 3 Maret 1955. beliau akarb dipanggil dengan Abah Faqih. Beliau mempunyai 5 putra dan 1 putri yaitu ;
1.      H. Abdurrohman Al-Asy'ari, Alh, S.H.I
2.      H. Khairullah Al-Mujtaba, Alh
3.      Siti Marliyah
4.      Nuruzzaman
5.      Fadlurrohman Al-Faqih
6.      Ahmad Isbat Caesar
Putra-putri beliau sudah ada yang menyelesaikan pendidikan baik formal maupun non formal, baik S1 maupun tahfidzul Qur'an dan juga pondok pesantren. Bahkan putra beliau yang pertama dan kedua adalah alumnus Yaman "Ribat ta'lim Khadzral maut" dibawah asuhan Habib Salim As-Satiri