Ada cerita sangat menakjubkan tentang beliau. Saat semua penduduk Kota Gresik sepi karena hendak mensholati jenazah beliau, ada seorang bapak membeli daging kambing di Pasar Gresik.
Hal ini sebagai kenikmatan yang mereka alami di alam kubur. Jika ada para peziarah berdiri mengucapkan salam dan doa-doa, maka si wali yang diziarahi juga ikut berdiri, menjawab salam dan mengamini doa-doanya.
Pada saat hari wafat beliau, ada satu cerita yang sangat luar biasa. Kala itu, saat semua penduduk Gresik sibuk menshalati jenazah Habib Abu Bakar bin Muhammad Asseghaf, ada seorang laki-laki pergi ke pasar Gresik untuk membeli daging kambing